第一次应用辅助软件导入单选题识别和分离试题成功了，格式自动形成，题库最后也添加到了新试卷以及相应班级。当我再应用辅助软件导入同格式多选题，第一步识别和分离试题就失败了，导致第二部就没有检测到测试题；

这个是因为你的试卷没有正确的分离，请参考帮助来做：https://www.examcoo.com/help/formatpaper/index.html
具体不清楚的地方，可以加入考试酷QQ群:341426779，在群里来具体的咨询。